早速調べたらApp Storeの当該アプリのページに
HOME edition or Windows 200x Servers cannot be supported. If you use a Windows 200x server, select menu - configure - use old protocol v4.
と書いてあった。
たしかにConfigureの中に[use old protocol v4]という項目があったので、設定をONにしたら無事WindowsServer2008に接続できました。
業務で結構使っていたので焦ったけど、うまく接続できてよかった~。